擬訂中醫藥防治重大疾病規劃并組織實施。擬訂中醫醫療機構及醫務人員、醫療技術應用、醫療質量、醫療安全、醫療服務以及行風建設等行業管理政策規范、標準并監督實施。擬訂公立中醫醫院運行監管、績效評價和考核制度。承擔推進中醫護理、康復發展有關工作。擬訂基層中醫藥服務政策、標準和規范并組織實施，指導基層中醫藥服務體系建設。指導全國中醫應急體系和能力建設，組織開展傳染病和突發事件中醫藥應急工作。